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华国发改委、科技部,以及“方舟”建设方的总工程师也莅临现场。
简单的启用仪式后,象征性的水晶钥匙被交到了陆时羡手中。
没有过多的喧哗,所有人的目光都聚焦在那块即将点亮的主屏幕上。
“陆院士,‘方舟’一期,总计17exaflp的峰值算力,生物专用架构,现已就绪。请下达第一个正式计算任务!”超算中心主任郑重宣布。
陆时羡深吸一口气,与罗伯特和埃琳娜交换了一个眼神,点了点头。
他走到控制台前,接入自己的加密权限,从随身携带的固态硬盘中,调出了那份凝聚了他们在“神威”上数月心血的、关于“枢纽蛋白”最核心也最大胆的猜想与数据包。
“启动‘方舟’任务序列t-001。项目代号:‘天网’。
加载‘枢纽蛋白多维验证与网络推演’数据集。”陆时羡的声音平静,却清晰地传遍了寂静的主控室。
巨大的屏幕上,数据流开始如瀑布般倾泻而下,但又以一种前所未见的、高度组织化的形式呈现出来。
与在“神威”上需要深度优化才能勉强运行不同,这些为生物学问题量身定制的计算任务,仿佛游鱼归海,几乎是无缝地、丝滑地被“方舟”的系统接纳、分解并开始执行。
第一轮进行验证的课题是fr-1的“双面人格”与变构调控。
在“神威”上,他们通过片段式的微秒级模拟,猜测fr-1可能存在与不同gpcr状态结合的“双面性”。
而现在,在“方舟”上,他们首次启动了全尺度、长程(毫秒级)的分子动力学模拟,将完整的fr-1蛋白、嵌入脂质双层的多种gpcr构象包括激活、失活、中间态等等、以及关键的脂质分子和小分子配体置于同一个模拟体系中。
相对于传统超算,结果几乎是瞬间涌现。
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屏幕上动态演化的分子模型,清晰地展示了fr-1如何像一个精密的分子杠杆,其核心结构域的微小构象变化,如何被膜脂微环境和潜在的磷酸化信号放大,进而决定其“摆向”激活态gpcr还是与失活态gpcr进行“对话”。
一个前所未有的、磷酸化依赖的变构开关机制被清晰地揭示出来,其能量变化曲线平滑而确凿,远超在“神威”上获得的间接证据。
“上帝……这太清晰了!”罗伯特教授盯着屏幕,喃喃自语,“这不仅仅是结合,这是识别与选择!科尔德斯普林那篇论文,连这个机制的边都没摸到!”
陆时羡和埃琳娜也相继露出满意的神色,但此时还远未达到庆祝的时候。
“现在开启第二轮验证,对‘孤儿d)没参加高考怎么了?我保送的。
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